これで詰まって数日間ハマりました(´・ω・｀)
まだまだbaserCMSの情報は少ないので、同じ症状で困っている人の参考になりましたら幸いです。
使用環境：
サーバー：ロリポップ
PHPバージョン： 5.3
baserCMSバージョン： 3.0.2
公式サイトを見ても「システム設定より自動でスマートURLをONできない場合は手動でONにするべき」という手段しか載っていないのでその通りやってみたのですがうまくいかず。
手順通り2種類のhtaccessファイルにそれぞれ4行・5行の記述をしてアップロード（＆念のためパーミッションの設定変えも）したのですがInternal ErrorやらまともにCSSを読み込まないなどの不具合が起きたのでhtaccessは結局元に戻しました。
そもそもなんでロリポップはスマートURL対応してるのに自動でONにできないんだ？という疑問に戻り、システム設定を見直してみるとRewriteモジュールの対応が「不明」となっているわけではありませんか。つまり「NO!」ではない、使えるはずだ。と、ここまで分かったはいいけど手動も自動でONできない状況は変わらず。
ひたすらググってはそれっぽい設定を片っ端しから試しては自爆し（何度インストールしなおしたか…）を繰り返してたらできました。その作業はあっけないほどにカンタンでした。
ファイル名：webroot/app/Config/install.php
これだけで管理画面のシステム設定から自動でスマートURLをONできるようになりました('A`)
この数日間はなんだったんだ！
推測ですが、ロリポップのbaserCMS簡単インストール時にパーミッション設定がうまく反映されていない？のかも。
ちょいちょいバージョンアップしてますからね…。baser本家からパッケージをダウンロードして自分でインストールしたほうが安全かもしれません。
このサイトを設立するにあたり、これ以外でも「ｱｰ困った！」的なことはまだまだたくさんありますので備忘録も兼ねて記事として残していこうと思います。